Pembentukan Desa Botto Tanre tidak terlepas dari sejarah pemekaran wilayah Pemerintahan Desa sekitarnya, Pada awalnya Desa Botto Tanre merupakan bagian dari Desa Rumpia yang di sebut Petta Ennangnge karena terdiri dari 6 (enam) Dusun, diantaranya Dusun Sanrangeng, Dusun Sarammae, Dusun Bulu, Dusun Rumpia, Dusun Pao-Pao dan Dusun Atapange yang pada saat itu di pimpin oleh Petta Andi Makkaratte.
Kemudian Desa Rumpia dimekarkan menjadi 2 (dua) Desa, yaitu Desa Rumpia dan Desa Lamiku yang pada saat itu di pimpin oleh Andi Aco Pamessangi, Pada tahun 1988 Desa Lamiku kembali dimekarkan menjadi 2 (dua) Desa, yaitu Desa Lamiku dan Desa Persiapan Botto Tanre, dan pada Tahun 1991 Desa Botto Tanre resmi menjadi Desa Definitif yang terdiri dari 3 (tiga) Dusun, yaitu Dusun Sanrangeng, Dusun Lapotta dan Dusun Lamemmang yang pada saat itu di pimpin oleh Anwar, MK sampai tahun 2002.
Selanjutnya pada tahun 2003 s/d 2008 Desa Botto Tanre di pimpin oleh H. Baso Alang pada saat itu kepemimpinan beliau adalah Periode I (pertama) dan pada Tahun 2009 s/d 2018 H. Baso Alang terpilih kembali memimpin Desa Botto Tanre pada Periode II (Kedua) kepemimpinannya, kemudian selanjutya pemilihan serentak kepala desa di Kabupaten Wajo pada tanggal 31 Mei 2015 Bapak H. Baso Alang terpilih kembali untuk Periode III ( Ketiga) untuk masa jabatan tahun 2015 s/d 2021, kemudian selanjutnya Pada Tanggal 25 Juni 2021 pada pemilihan serentak terpilih ibu Hj. Besse Erfianti, S.Sos. sebagai kepala desa pada masa jabatan tahun 2021 s/d 2026.